胸腺囊病情严重的，治疗不及时会导致胸腺压迫以及纵隔压迫。不利于胸腺发育、胸腺发育不良和免疫系统。纵隔压迫者，因大血管及心脏组织压迫，导致心悸等症状。部分患者还会出现各种疾病的并发症。