慢性腹泻的病程一般是两个月以上，如果连续两个月都出现了腹泻的症状，可以被称为是慢性腹泻；除此之外，如果腹泻发作的时间不长，但是在一年内累计发作超过了三个月，也可以被称为慢性腹泻。如果在这期间出现的食物中毒、消化不良或肠道疾病，就可能会使慢性腹泻的病程延长。

小儿慢性腹泻的病程一般会持续两个月左右，还有的患儿可能不会持续性的腹泻，但每次发作间隔时间都在两到四周不等。患儿每次病情发作时，都会表现为大便次数增加、大便性状稀薄，且伴随有腹痛、肚脐胀痛的症状。而导致慢性腹泻病程延长的原因，主要是原发病未能及时控制有关。

慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

慢性腹泻的发病和某些全身性的疾病有着密切的关系，比较常见的就是糖尿病，部分患者是因为甲状腺功能亢进所致。某些胃肠道疾病也容易引起慢性腹泻，比如说溃疡性结肠炎，再就是患有大肠癌，还有部分患者是因为患有克隆病，也就是节段性肠炎。

当出现慢性腹泻时，西医上会建议用肠炎宁片等止泻药、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等肠道微生态制剂止泻；必要时应用补液盐防止脱水。中医上可辨证服用胃苓汤加减、葛根岑连汤加减、痛泻要方加味等中药治疗；也可以选择推拿按摩的方法止泻。