慢性腹泻的病程一般是两个月以上，如果连续两个月都出现了腹泻的症状，可以被称为是慢性腹泻；除此之外，如果腹泻发作的时间不长，但是在一年内累计发作超过了三个月，也可以被称为慢性腹泻。如果在这期间出现的食物中毒、消化不良或肠道疾病，就可能会使慢性腹泻的病程延长。

出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

慢性腹泻的常见并发症为营养不良和维生素缺乏症，与长期性大便次数增多和营养流失有关。同时会导致抵抗力下降，而出现真菌性肠炎一类继发性感染疾病。部分患者可能会并发中毒性肝炎，还可有电解质紊乱及肠出血的可能性，严重时会导致肾衰竭。

临床上确诊慢性腹泻可以根据所出现的各种不良表现，如果发现有持续性腹泻及腹痛发烧等症状，就需要高度怀疑该病发生。同时需要借助于粪便常规检查和粪便细菌学培养检查来确定病情，且要接受消化道内镜和呼气试验方面的检查，必要时可做超声波和影像学检查项目。

如果患上了慢性腹泻，可以根据病情选择合适的药物来治疗，比较常用的药物就是止泻药、肠道微生态制剂以及生长抑素及其类似物。慢性腹泻还需要根据病因进行相应的治疗，比如乳糖不耐受要避免食用乳制品，除此以外，对症支持治疗也是很重要的。