多囊卵巢综合症患者由于内分泌的异常，所以它首要的危害会引起女性的不孕。由于没有排卵和体内的雄激素比较高，所以患者会出现结婚多年以后不怀孕的现象。另外在肥胖型的多囊卵巢患者中，其实怀孕了以后的流产率也是比较高的，而且怀孕以后，糖尿病发生率和高血压发生率的风险也会增高。另外在围生期，其它的并发症的风险也随之会升高。另外的危害就是对生活质量的影响。由于这样的患者大部分有肥胖、多毛、月经不调以及不孕不育这样的一些现象发生，所以会给增加患者焦虑和抑郁等情感障碍的发生。另外如果病程时间比较长的话，由于高胰岛素血症和胰岛素的抵抗，及患者本身的肥胖情况，容易发生糖耐量的异常，而导致糖尿病。由于脂质代谢的异常，容易导致冠心病和高血压。