睾丸萎缩引起的原因，大多数受
内分泌、化学物质、物理因素、感染等等这些因素的影响。
第一，睾丸是受到下丘脑、垂体、性腺轴激素的调控，如果由于先天性的性腺轴异常，或者由于垂体的肿瘤，或者由于放疗、药物这些危害所导致的性腺轴内分泌激素的异常，那么出现第一促性腺激素水平改变，这些情况就可以引起睾丸的萎缩。
第二，最常见的因素是感染，
腮腺炎病毒和某些特定的细菌感染所导致的睾丸炎，可以造成严重的睾丸萎缩的影响。
第三，精索静脉曲张、高温这些物理因素也可以导致慢性的睾丸的损害，导致慢性的萎缩。
第四，某些化学药物和化学物质也可以损害到睾丸造成萎缩。
