甲胚蛋白和癌胚抗原主要是用来诊断一些癌症疾病的，甲胎蛋白对原发性肝癌的诊断、疗效观察和预后评估有重要的临床意义。在卵巢、胃、胰腺癌、睾丸癌等肿瘤及肝炎、肝硬化等疾病也有异常发现。癌胚抗原系广谱性肿瘤标志物，对大肠癌、胰腺癌的筛查、疗效观察和预后评估有重要的临床意义。在胃、乳腺、肺癌等也可升高。