通常来说肠道感染后需要药物治疗，而肠道感染一般可以被分为病毒感染或细菌感染两种。如果是细菌感染，常规是要应用抗细菌的药物，比如头孢类、左氧氟沙星等抗病毒药物。在中成药方面常用小檗碱；还有调节肠道胃肠功能的药物，包括助消化的消化酶、复方阿嗪米特、多潘立酮片等药物；保护肠黏膜的药物，包括蒙脱石散；解痉止痛的药物，包括阿托品、曲美布汀等药物。另外，益生菌方面有活性双歧杆菌药物，需要针对患者病情症状，选择合理药物。