肛瘘外用药物可以选择红霉素软膏、肛泰软膏等，但是使用药物需要遵循医嘱。如果病人已经出现肛瘘，使用外用药物也只是缓解，减少流脓和肿痛，但不能使伤口愈合，这类病人还是需要选择手术治疗，手术可以达到治愈的目的，如果不通过手术将根源切除，肛瘘是很难痊愈或者说是不会痊愈。