巧克力囊肿通常能治愈，在治疗巧克力囊肿的时候，可以采取保守疗法进行治疗，但是保守疗法通常复发的几率是比较高的，因此如果想要彻底根治的话，可以采取腹腔镜手术进行治疗，也可以采取开腹手术进行医治，在手术治疗以后还要多卧床休息。