慢性腹泻的病程一般是两个月以上，如果连续两个月都出现了腹泻的症状，可以被称为是慢性腹泻；除此之外，如果腹泻发作的时间不长，但是在一年内累计发作超过了三个月，也可以被称为慢性腹泻。如果在这期间出现的食物中毒、消化不良或肠道疾病，就可能会使慢性腹泻的病程延长。

导致慢性腹泻发生的原因，分非病理性原因和病理性原因。非病理性原因包括季节环境因素、不良饮食和胃动力不足引起的消化不良。而病理性因素包括一些全身性疾病，例如甲亢、糖尿病等等。另外，如果患上胃肠道疾病和肝胆胰腺疾病，都可能在不同程度上影响到正常消化功能，进而出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的原因分为非病理性和病理性两种，其中非病理性包括饮食不净、精神过度紧张、感染、脂肪吸收不良和过敏等等；病理性原因包括糖尿病和大肠癌。不论是哪种原因所造成的慢性腹泻，都需要尽早的接受治疗，否则可能会使病情更加严重，甚至还会引起其他并发症。

慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

慢性腹泻的常见并发症为营养不良和维生素缺乏症，与长期性大便次数增多和营养流失有关。同时会导致抵抗力下降，而出现真菌性肠炎一类继发性感染疾病。部分患者可能会并发中毒性肝炎，还可有电解质紊乱及肠出血的可能性，严重时会导致肾衰竭。