肺囊肿可分为先天性囊肿和后天性囊肿，先天性囊肿是由胚胎发育异常引起的，大部分体检发现或因其他疾病发现，常无明显症状。包括支气管肺囊肿、肺泡肺囊肿、小叶气肿（肺大疱）、囊性腺瘤畸形和先天性囊性支气管扩张。获得性肺囊肿多继发于肺部感染，如肺气肿大疱，寄生囊肿，感染后小泡等。