在完全健康的儿童中，绝大多数肛肠脓肿是自我限制性的，在年龄较大的儿童中，这可能与炎症性肠病或免疫系统受损的其他疾病有关，对于1岁以下的儿童，如果他们有巨大的红色突出的肛周脓肿和严重的全身症状，就需要更积极的治疗，脓肿应及时切开排出，并使用抗生素，然后观察，如果伤口愈合，随着年龄的增长，肛周组织可以很好的发育，不形成肛瘘。