婴儿克洛恩病最典型的症状是腹痛，还会出现腹泻的症状。在初期时腹泻症状间歇性发作，在病程后期为持续性发作，随着病情的发展还会出现腹部包块，还会导致瘘管形成，发生肛门直肠周围病变，患者会出现发热的症状，由于营养障碍会导致消瘦，贫血缺钙以及骨质疏松的症状。