本病的病因通常是由阿米巴原虫所诱发的，通常情况下，生殖道中的大部分阿米巴虫来自肠道中的滋养体，很少通过性接触传播。并非所有变形虫感染后的发病都是由机体的抵抗力，滋养体的数量以及毒力决定的。阿米巴原虫侵入生殖道的粘膜后，会分泌组织溶解酶并溶解周围组织，从而损害粘膜并形成溃疡。