先天性胆管囊状扩张症的手术方法，需要根据囊肿的分型选择合适的方案，肝外型的囊肿可以采取切除术，胆总管空肠需要采用吻合术，对于肝内型胆管囊状扩张症的患者，如果是单发的，可以进行肝叶或者肝段切除。如果患者是多发的，这种情况不宜手术，对于终末期的患者可以考虑肝移植。