治疗孕晚期咽喉肿痛的方法是通过口服药物的方式，或者是改善生活当中的饮食来进行综合治疗，可以做到双管齐下，治疗的效果是非常好的。在选择药的时候最好选择中成药，对于胎儿或者是孕妇的身体副作用比较小，也可以在医生的指导下选择对胎儿副作用比较小的药物。