儿童呼吸衰竭最常见的原发病包括呼吸道阻塞性疾病，如气管异物吸入、急性喉梗阻、喉痉挛、血管环压迫、咽喉壁脓肿、气管软化等。肺实质疾病，如各种病原体引起的肺部感染、肺水肿、急性呼吸窘迫综合征、哮喘急性加重、气胸等。呼吸泵功能异常，包括中枢呼吸中枢、脊髓、呼吸肌、胸区各部位，如脑炎、脑膜炎、颅内占位性病变或出血、胸部创伤、脊髓炎、先天性心脏病、重症肌无力、格林-巴利综合征、中毒等。