治巧克力囊肿可以遵从医嘱采取甲基睾丸素的药物治疗，还能够采用复康片的药物治疗，一般可以起到治疗功能性子宫出血的效果，如果患有肝脏疾病或者是肾脏疾病以及子宫肌瘤的人群，需要谨慎使用。巧克力囊肿多数是因为阴道闭锁的原因，还有可能是宫颈狭窄引发的。