颅内生殖细胞瘤的原因是原始生殖细胞。是具有向多个方向分化潜能的原始干细胞，在向上皮细胞分化时形成胚胎癌，向卵黄细胞分化时形成卵黄囊瘤，或向绒膜细胞分化时形成鼻窦瘤，成为绒膜上皮癌。分化成三层胚层可形成类寄生虫瘤，而原始未分化的生殖细胞增殖可形成生殖细胞瘤。