胃肠道间质瘤可分为良性、潜在恶性和恶性三类。根据其类型、肿瘤大小和有丝分裂情况，可进一步分为以下几类：1、平滑肌分化型有良性肿瘤的可能；神经分化型多为恶性；平滑肌与神经共分化和未分化型多为潜在的恶性肿瘤。2、根据肿瘤大小和有丝分裂图像，可确定恶性标准。胃内肿瘤>5.5cm，小肠肿瘤。超过4cm的肿瘤为恶性，超过5个有丝分裂的胃内肿瘤和超过1个有丝分裂的小肠肿瘤为恶性。