病毒性脑炎影响孩子的智力，病毒性脑炎如果治疗延迟，会导致不可逆转的脑损伤，甚至死亡，尤其是婴儿和老人。大多数人都能完全康复。有些后遗症需要终生治疗。疱疹性脑炎可导致严重的脑损伤，可以用阿昔洛韦治疗。为了确保更好的恢复，治疗应该在进入昏迷前尽早开始。成年人恢复得更好，而儿童需要更长的时间才能恢复，婴儿可能会受到不可逆转的损害。