怀孕41天做B超的时候，如果没有看到孕囊，可能是由于自身的月经不正常，孕囊的着床比较晚导致的。当然还要注意这种情况是有宫外孕的可能的，所以最好及时去医院进行B超检查。另外如果这一时期内出现了阴道流血的情况，也有可能是出现了意外的流产。所以应该搭配血液检查来查看具体的情况。