甲状腺炎有许多原因。自身免疫、病毒感染、细菌感染、真菌感染、慢性硬化、辐射损伤、肉芽肿、药物、创伤和其他原因都与甲状腺炎的发作有关。葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌和其他细菌感染可导致急性甲状腺炎。甲状腺病毒感染，如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒和腺病毒感染，被认为是亚急性甲状腺炎的原因，也可能发生在非病毒感染后。此外，遗传易感性和环境因素也与自身免疫性甲状腺疾病有关。