在早期，多数患者一般无症状。损害大小及形状不等，可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害。在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感，有恶臭味，有时小的生殖器疱疹可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难，直肠内生殖器疱疹可发生疼痛、便血，而直肠内大的生殖器疱疹则可引起里急后重感。因为生殖器疱疹具有很强传染性。