h5n6禽流感的症状跟感染禽类的品种、患者的年龄、并发感染程度、病毒毒力和环境因素等而有所不同，一般发病后表现为典型的病毒性肺炎，起病急，病程早期均有发热、咳嗽等呼吸道感染症状。起病5-7天出现呼吸困难等重症肺炎相关表现，并进行性加重，部分病例可迅速发展为急性呼吸窘迫综合征并死亡。