肛瘘可能是因为便秘而造成的，肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。会阴部手术，内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。结核，吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。