菌血症和败血症是有很多区别的。菌血症多数情况下指外界细菌由体表/感染的入口进入血液系统后，在人体血液内繁殖，并随血流在全身播散。主要发生在炎症早期阶段，肝脾和骨髓的巨噬细胞可防御性的清除细菌。败血症指（条件）致病菌侵入血循环，并生长繁殖，产生毒素，发生急性全身性感染。