甲状腺功能低下大多数都是原发性的，病因较为复杂。甲状腺功能低下症之病因有原发性及继发性两类。原发性者乃是由于甲状腺体萎缩所致，继发性者主要见于甲亢患者作甲状腺次全切术后及慢性淋巴性甲状腺炎之后期。