流感病毒的外层表面抗原的不断变异决定了其亚型和病毒的特异性，抗原转换是流感病毒的一种剧变，它会导致流感病毒出现新的血凝素或新的神经酰胺酶蛋白。从而产生新的流感病毒亚型。当发生转换时，大多数人对新病毒没有或只有轻度抵抗力，从而使流感能快速传播。给流感的治疗造成更大的困难。甲型流感病毒大约每隔十几年发生一次大变异。流感病毒三型之间无交叉免疫力，加之流感病毒不断变异，故可引起反复发病。