在妊娠期，孕妇抽烟有可能引起胎儿基因的变化而导致唇腭裂。也有研究表明酒精、营养因子通过影响基因表达而发挥作用。如婴儿酒精综合征中就出现唇腭裂表型。发现叶酸代谢酶也能诱导唇腭裂畸形的发生，补充叶酸则能降低唇腭裂的发生率。另有报道维生素Q也在维持颌面部正常发育及防止唇腭裂的发生中起重要的作用。