沙眼衣原体是一种微生物，目前发现它有15个血清型，不同的血清型能引起不同的疾病。其中A、B、Ba及C型的衣原体株能引起沙眼，L1、L2、L3型能引起性病性淋巴肉芽肿，D～K型则引起非淋菌性尿道炎。沙眼衣原体是引起非淋菌性尿道炎的主要病原体，非淋菌性尿道炎的40%～50%是由沙眼衣原体感染引起的。沙眼衣原体感染目前已是西方国家最常见的性传播疾病之一。
在我国，沙眼衣原体感染的患病人数也在迅速增加。