一是组织活检，通过细胞的形态学改变来判断。典型的改变是表皮细胞核周空泡等。也可以进一步进行免疫组化检测，准确性较高，但由于是有创伤的操作，取材麻烦，实际应用相对不多。二是液基细胞学检测(TCT)，TCT在一定程度上也可以检测HPV感染的存在，不过与分子生物学检测的方法比较，敏感性较差。三是依赖于分子生物学技术手段对HPV DNA进行检测，包括核酸杂交和PCR方法等。