出现百日咳时，可服用抗生素、解痉镇咳药、糖皮质激素、支气管舒张药等西药进行治疗；也可辨证应用化痰降气、速肺降逆、补肺健脾等中药治疗，促使病情尽快好转。
　　1.抗生素
　　出现百日咳时，大环内酯类抗生素是首选药物。若合并肺炎时，可进行药敏试验，选择敏感性抗生素治疗，促使病情尽快好转。
　　2.解痉镇咳药
　　若患者咳嗽频繁、剧烈，可应用解痉镇咳药物对症治疗，缓解不适症状。
　　3.糖皮质激素
　　百日咳病情较严重时，还可短期小剂量应用糖皮质激素进行干预，促使症状尽快缓解。
　　4.支气管舒张药
　　患儿咳嗽症状特别严重时，也可应用支气管舒张药，促使支气管舒张，缓解咳嗽症状。
　　5.中药治疗百日咳
　　患病初期可应用疏风清热、化痰降气的中药辨证治疗；痉咳期可应用清热化痰、肃肺降逆的中药辨证治疗；恢复期可应用益气养阴、补肺健脾的中药辨证治疗。